《海峡两岸知识产权保护与合作协议》自2010年9月生效以来，执行情况良好，提升了两岸知识产权保护与合作水平。一是优先权申请。截止2012年3月，大陆方面共受理要求台湾地区优先权的专利申请6042件，商标申请59件。二是协处案件。截止2011年底，大陆方面受理台湾地区提请商标协处案件共计60余件，其中“台盐生技”、“台银”商标专用权等许多案件获得妥善解决。大陆方面也向台方提出包括“中网”、“央网”、“CCTV”抢注案在内的协处请求。在著作权保护领域，2011年大陆方面处理了大量涉及台湾地区音乐制品的侵权案件，其中查处“四川天籁村音乐网”侵犯台湾地区音乐作品38件，侵权人被判处徒刑并处罚金。三是著作权认证。大陆版权主管部门于2010年12月批准台湾著作权保护协会作为大陆引进台湾地区音像制品著作权认证机构。2011年，中国版权保护中心完成来自台湾地区授权的音像制品合同登记共计126件。四是品种权保护。大陆方面已受理5件台湾地区蝴蝶兰品种权申请。五是业务交流。双方专利文献交换与自动化数据合作等进展顺利。